Las referencias que importemos desde cualquier recurso electrónicos deben guardarse en Carpetas (Folders). Si no las organizamos así llegará un momento en que tengamos muchas y será dificil localizarlas. Es mejor tenerlas clasificadas en carpetas por temas.
Crearemos tantas carpetas como necesitemos, pueden también subcarpetas dentro de otra carpeta. En la versión Mendeley Desktop se hace en el icono 
o bien en el enlace: "Create Folder" e introduciendo el nombre que queramos darle a la carpeta.
En la versión Reference Manager, las carpetas se llaman Collections.
Mendeley permite añadir a cualquier referencia su texto completo en pdf si disponemos del mismo.
Podemos hacerlo de varias maneras. Marcando cualquier referencia, en la columna derecha aparecen los datos de la misma campo a campo. En el campo Files es donde añadiremos el pdf.
Aunque no tengamos la referencia biblográfica previamente en una carpeta también podemos añadir un pdf, arrastrandolo con el ratón y automáticamente capturará los metadatos como titulo, autor y fuente y los añadirá.
Otra forma interesante que nos ofrece Mendeley para incorporar pdfs a nuestra biblioteca personal es asignando a una carpeta de nuestro ordenador la tarea de subir los pdfs de forma automática cada vez que guardemos uno en dicha carpeta. Se llama Watch Folder. Se designa en el menú File .
En la columna central tenemos el listado de las referencias que hay en cada carpeta, si no marcamos una carpeta en concreto nos muestra el listado general de todas las referencias.
Podemos reordenar este listado por la columna que nos interese, autor, título, fecha, etc. y además marcar nuestras favoritas, indicar las que ya hemos leido y ver cuales tienen el texto completo asociado (si lo hemos subido nosotros).
Como vamos a utilizar diferentes fuentes de información para importar referencias, es normal que tengamos algunas referencias duplicadas.
Es posible detectarlas y fusionarlas.
Otra de las características muy útiles en Mendeley es la posibilidad de subrayar partes del texto o añadir comentarios a un pdf tanto para uso nuestro como compartido con otros usuarios.
Si hemos añadido el pdf a una referencia podemos abrirlo haciendo doble click en el icono pdf. En la aplicación pdf propia de Mendeley podemos utilizar las opciones Note para añadir comentarios y Highlights para subrayar partes del texto.
